공무원연금의 비용부담은 기여제 방식으로 공무원과 국가 또는 지방자치단체가 공동으로 부담하고 있다. 즉, 공무원이 매월 기준소득월액의 8%~9%를 기여금으로 납부하고 국가 또는 지방자치단체가 보수예산의 8%~9%를 부담금으로 납부하고 있다. 다만, 사용자 책임급여인 재해보상급여 및 퇴직수당과 부조적 성격의 급여인 재해부조금 및 사망조위금에 소요되는 비용은 국가나 지방자치단체가 전액을 매년 부담하고 있다.

공무원연금제도의 재정방식은 적립방식의 기초에 의해 설계되었다. 즉, 급여지출 비용의 예상액과 기여금ㆍ부담금 및 그 예정운용수익금의 합계액이 장래에 재정적 균형을 유지하기 위하여 제도 초기부터 공무원연금기금을 조성해 왔다. 그러나 제도도입 당시 보수월액의 2.3%의 기여율을 1969년에 3.5%, 1970년에는 5.5%, 1996년에는 6.5%, 1999년에는 7.5%, 2001년에는 8.5% 그리고 2010년 기준소득월액으로 변경되어 2015년까지 7%, 2016년 8%에서 단계적으로 인상하여 2020년 이후 9%로 점차 상향 조정함으로써 수정된 적립 방식에 가까운 제도로 운영하고 있다. 도입 이후 50여년이 경과한 공무원연금제도는 성숙단계에 들어서면서 수입·지출상 불균형 구조가 더욱 심화되어, 2001년부터는 사실상 급여부족분 전액을 사용자(국가 또는 지방자치단체)가 보전하는 부과방식 형태로 전환 되었다.

공무원연금제도의 회계는 연금회계와 기금회계로 구분되어 있다. 연금회계는 공무원이 부담하는 기여금과 국가 또는 지방자치단체가 부담하는 부담금 등을 수입으로 하고, 연금급여 등 제 급여를 지출로 하는 회계를 말한다. 기금회계는 연금회계로부터 적립된 기금을 관리운용하는 회계를 말한다. 연금회계와 기금회계의 상호관계는 다음과 같다. 연금회계에서 수지흑자가 발생하면 그 흑자분이 기금회계에 전입처리 되고, 적자가 발생하면 그 부족분을 기금회계로부터 이입충당하게 된다. 이 경우 연금회계에서 기금회계로 전입되는 전입금은 적립금과 결산잉여금으로 구성되는데 적립금은 미리 예산에 계상된 금액으로서 당해연도 기금수입이 되고, 결산잉여금은 당해 회계연도의 결산 후 남는 금액으로서 당해연도 기금수입이 된다.